Ανησυχίες που αφορούν τον εμβολιασμό για τους HPV ιούς, έχουν εκφραστεί και δημοσιευτεί σε ακαδημαϊκά περιοδικά και άλλα μέσα. Διατυπώθηκε η εκδοχή ότι ο εμβολιασμός για τους HPV ιούς θα φέρει μια ψευδή αίσθηση προστασίας μεταξύ των νέων, η οποία θα έχει ως συνέπεια την αύξηση των σεξουαλικών επαφών χωρίς προφυλάξεις.
Έρευνες, τόσο από το Κέντρο Ελέγχου και Πρόληψης Νοσημάτων, στις ΗΠΑ (CDC), όσο και από πανεπιστημιακές κοινότητες, επιδεικνύουν ότι δεν υπάρχουν αποδείξεις που να υποστηρίζουν τέτοιες ανησυχίες.