Πιστεύεται ότι οι ογκογόνοι HPV (κυρίως ο HPV16) είναι αιτιολογικοί παράγοντες σε ποσοστό 25%-35% των καρκίνων του στοματοφάρυγγα. Δεν είναι όμως γνωστή η φυσική ιστορία της καρκινογένεσης σε αυτή την περιοχή κατ’ αντιστοιχία με τον τράχηλο της μήτρας (προκαρκινικές αλλοιώσεις που εάν δε θεραπευτούν εξελίσσονται σε καρκίνους). Για τον λόγο αυτό δεν μπορεί επισήμως να συστηθεί το εμβόλιο, αφού δεν υπάρχουν μελέτες για την πρόληψη των καρκίνων του στοματοφάρυγγα.
Η εμφάνιση των συγκεκριμένων καρκίνων αρχίζει συνήθως μετά την ηλικία των 50 ετών. Επομένως αναμένεται να αποδειχθεί εκ των υστέρων η ευεργετική κάλυψη του εμβολίου εάν μειωθεί η συχνότητα εμφάνισης αυτών των καρκίνων στους ανθρώπους που όταν ήταν παιδιά και έφηβοι εμβολιάστηκαν.
