Η χρήση προφυλακτικού περιορίζει μεν (μέχρι και 70%, σύμφωνα με όλες τις δημοσιεύσεις), αλλά δεν αποκλείει εντελώς τον κίνδυνο μετάδοσης των HPV. Οι αιτίες είναι προφανείς:
- Το προφυλακτικό δεν καλύπτει ολόκληρη την επιφάνεια του πέους. Μπορεί να υπάρχουν φλεγμονώδεις αλλοιώσεις σε γύρω περιοχές (στους όρχεις, στο εφήβαιο, στο περίνεο), που τρίβονται κατά την επαφή.
- Το προφυλακτικό δε χρησιμοποιείται αυστηρά σε όλες τις επαφές και σε όλη τη διάρκεια της επαφής.
Παρόλο που το προφυλακτικό δεν εξαλείφει πλήρως τον κίνδυνο μετάδοσης των HPV, η χρήση του συνιστάται, έστω και για τη μερική προστασία που προσφέρει. Άλλωστε προφυλάσσει και από άλλα πολύ σοβαρά σεξουαλικώς μεταδιδόμενα νοσήματα.