Δεν υπάρχει αιτιολογική θεραπεία για τους HPV, που να απαλλάσσει τον οργανισμό μας από τον ιό. Όμως, υπάρχουν θεραπείες για τις αλλοιώσεις, που μπορεί να προκαλέσει ο ιός, δηλαδή, για τα οξυτενή κονδυλώματα και τις προκαρκινικές αλλοιώσεις.

Είναι πολύ συνηθισμένο φαινόμενο, οι αλλοιώσεις που προκλήθηκαν από τους HPV (ειδικά τα οξυτενή κονδυλώματα), να υποτροπιάζουν μετά από θεραπεία. Οι υποτροπές οξυτενών κονδυλωμάτων είναι πιο συνηθισμένες μέσα στο πρώτο έτος από την ημέρα που πρωτοεμφανίστηκαν.

Αυτό γίνεται επειδή πολύ μεγάλος αριθμός από HPV παραμένουν στην περιοχή του κατώτερου γεννητικού συστήματος και καταστέλλονται σιγά-σιγά από το ανοσοποιητικό σύστημα.