Με τις εξετάσεις που διαθέτουμε μπορούμε να διαγνώσουμε μόνο ενεργό λοίμωξη από HPV. Μπορεί η λοίμωξη να οφείλεται σε πρόσφατη μόλυνση ή σε υποτροπή παλιάς λοίμωξης. Αυτές οι εξετάσεις αποδεικνύουν την παρουσία των HPV τη δεδομένη χρονική στιγμή που ελήφθη το δείγμα (συνήθως λαμβάνονται κύτταρα από τον τράχηλο της μήτρας ή βιοψίες).
Εάν η λοίμωξη έχει υποχωρήσει και ο HPV έχει κατασταλεί από το ανοσοποιητικό σας σύστημα, τότε είναι αδύνατο να γνωρίζουμε την ύπαρξή του. Μπορεί να είχατε μολυνθεί από HPV σε κάποια φάση της ζωής σας και να μη το γνωρίζετε, επειδή δεν είχατε κανένα σύμπτωμα. Στους περισσότερους ανθρώπους οι HPV προκαλούν μια παροδική λοίμωξη χωρίς συμπτώματα.
Εάν μια γυναίκα γνωρίζει ότι μολύνθηκε στο παρελθόν, επειδή σε κάποιο τεστ Παπανικολάου ή σε βιοψίες βρέθηκε λοίμωξη , αυτό θεωρείται σημαντικό στοιχείο από το ιστορικό της. Συνήθως όμως δεν μπορούμε να διαγνώσουμε παλιά μόλυνση από HPV επειδή ο ιός αργά ή γρήγορα καταστέλλεται από το ανοσοποιητικό μας σύστημα. Δεν υπάρχει εξέταση που να ανιχνεύει αντισώματα κατά των HPV στο αίμα (όπως συμβαίνει σε μολύνσεις από άλλους ιούς) και επομένως δεν μπορούμε να γνωρίζουμε εάν μια γυναίκα μολύνθηκε στο παρελθόν.