Αν υποθέσουμε, ότι οι HPV εισέρχονται από μικροτραυματισμούς στο δέρμα ή στους βλεννογόνους του κατώτερου γεννητικού συστήματος και αρχίζουν να πολλαπλασιάζονται μέσα στα κύτταρα και δημιουργούν εστίες ενεργού λοίμωξης: τι γίνεται μετά;
Εάν το ανοσοποιητικό σύστημα το επιτρέψει, η λοίμωξη από τους HPV εξαπλώνεται μέσα σε λίγους μήνες στο δέρμα και στους βλεννογόνους του κατώτερου γεννητικού συστήματος. Στη γυναίκα, οι αλλοιώσεις συνήθως ανευρίσκονται στον τράχηλο της μήτρας, στον κόλπο, στο αιδοίο, στο περίνεο και περιπτωσιακά στην περιπρωκτική χώρα. Στους άνδρες, οι αλλοιώσεις εντοπίζονται συνήθως στο πέος. Σπανιότερα, ανευρίσκονται στο εφήβαιο, στην περιοχή του οσχέου και στην περιπρωκτική χώρα.
Η φάση αυτή χαρακτηρίζεται ως φάση ενεργού λοίμωξης και διαρκεί περίπου 3- 6 μήνες. Στη διάρκειά της μπορεί να εμφανιστούν αλλοιώσεις στις περιοχές που αναφέρθηκαν.
Μετά, ακολουθεί μια φάση εξισορρόπησης της ιογόνου δράσης από το ανοσοποιητικό σύστημα. Δεν είναι σπάνιες οι περιπτώσεις εκείνες, που υποχωρούν οι αλλοιώσεις από μόνες τους, χωρίς θεραπεία, επειδή το ανοσοποιητικό σύστημα κατορθώνει να εξουδετερώσει τον ιό.
Μετά τη φάση εξισορρόπησης, στο μεγαλύτερο ποσοστό των ατόμων, που μολύνθηκαν, έχουμε μόνιμη υποχώρηση των αλλοιώσεων. Οι αλλοιώσεις από μη ογκογόνους HPV υποχωρούν πιο γρήγορα.
Σε ένα μικρό ποσοστό ασθενών έχουμε παραμένουσα ή και υποτροπιάζουσα νόσο. Όπως φαίνεται, αυτή η κατηγορία ασθενών, εάν έχει μολυνθεί από HPV υψηλού κινδύνου, είναι πιθανό να αναπτύξει προκαρκινικές αλλοιώσεις και καρκίνο στο μέλλον, λόγω κάποιας αδυναμίας στο ανοσοποιητικό σύστημα. Ο μικρός κίνδυνος, που υπάρχει στις περιπτώσεις αυτές, αυξάνεται με την ηλικία, αφού όπως γνωρίζουμε όσο μεγαλώνουμε τόσο εξασθενούν οι προστατευτικοί ογκοκατασταλτικοί μηχανισμοί που διαθέτουμε. Έτσι εξηγείται το γεγονός, ότι βλέπουμε μόνο αλλοιώσεις απλής λοίμωξης σε γυναίκες μικρότερης ηλικίας των 20 ετών, ενώ η πλειοψηφία των προκαρκινικών αλλοιώσεων ανευρίσκονται σε γυναίκες ηλικίας 21-30 ετών και οι περισσότεροι καρκίνοι εντοπίζονται μετά την ηλικία των 30 ετών.