Συνήθως ναι. Δημιουργούνται ελαφρές τοπικές λοιμώξεις στα επιθήλια, που δε φαίνονται όμως με γυμνό μάτι (υποκλινικές κονδυλωματώδεις αλλοιώσεις). Εάν το ανοσοποιητικό σας σύστημα το επιτρέψει, οι λοιμώξεις επεκτείνονται σε ολόκληρο το κατώτερο γεννητικό σύστημα (αιδοίο, κόλπο, τράχηλο της μήτρας).
Μπορεί το ανοσοποιητικό σύστημα κάποιων ανθρώπων να είναι τόσο ισχυρό ώστε να μην επιτρέπει στον HPV να πολλαπλασιάζεται ανεξέλεγκτα και να προκαλέσει λοίμωξη. Στις περιπτώσεις αυτές, καθώς διαιρούνται τα κύτταρα της βασικής στοιβάδας σε θυγατρικά κύτταρα, απλώς αναδιπλασιάζεται και το DNA τουιού. Επειδή η ποσότητα του ιικού DNA παραμένει πολύ μικρή, δε δημιουργείται λοίμωξη. Επίσης, η ποσότητα αυτή δεν μπορεί να ανιχνευτεί. Επομένως δεν μπορούμε να εντοπίσουμε μια τέτοια μόλυνση ούτε με το μικροσκόπιο ούτε με HPV τεστ. Η κατάσταση αυτή περιγράφεται ως λανθάνουσα μόλυνση.
