Στους περισσότερους ανθρώπους (80-90%), που μολύνονται από κάποιο τύπο HPV, η αναζήτηση ιϊκού DNA στα επιφανειακά κύτταρα του επιθηλίου, θα δείξει αρνητικά αποτελέσματα μετά από 2 χρόνια. Υπολογίζεται ότι στο 60-70% των ατόμων που μολύνθηκαν οι HPV καταστέλλονται μέσα στο πρώτο έτος. Αυτό θεωρείται ως μια υγιής απάντηση του ανοσοποιητικού συστήματος. Μόνο σε ένα μικρό ποσοστό των γυναικών που μολύνθηκαν, παρατηρούνται επίμονες και υποτροπιάζουσες αλλοιώσεις στα κύτταρα του τραχήλου της μήτρας. Η μόλυνση από τους HPV υψηλού κινδύνου φαίνεται, ότι καταστέλλεται δυσκολότερα και ιδιαίτερα η μόλυνση από τους HPV 16 και 18.
Δεν είναι απολύτως βέβαιο, εάν ο ιός απλά καταστέλλεται αλλά παραμένει σε μικρές ποσότητες στα κύτταρά μας (λανθάνουσα παραμονή του HPV) ή εάν εξαφανίζεται εντελώς από το σώμα. Η πρώτη εκδοχή μοιάζει επικρατέστερη και επιβεβαιώνεται στους ανθρώπους εκείνους, που έχουν σταθερή μονογαμική σχέση και στους οποίους υποτροπιάζουν οι αλλοιώσεις, όταν μετά από χρόνια υποστεί σοβαρή βλάβη ή καταστολή το ανοσοποιητικό τους σύστημα.
