Πιστεύεται ότι μετά την καταστολή μιας λοίμωξης το DNA του ιού παραμένει σε μικρές ποσότητες στα κύτταρα της βασικής στοιβάδας του επιθηλίου. Αυτή η κατάσταση ονομάζεται λανθάνουσα μόλυνση. Στις περιπτώσεις με λανθάνουσα μόλυνση, το DNA του HPV δεν μπορεί να ανιχνευθεί με τις εξετάσεις που διαθέτουμε. Εάν το ανοσοποιητικό σας σύστημα το επιτρέψει, μπορεί να δραστηριοποιηθεί ξανά ο ιός και να προκαλέσει πάλι λοίμωξη. Επανέρχεται δηλαδή ο κίνδυνος της καρκινογένεσης.