Οι διάφοροι τύποι των γεννητικών HPV (που προκαλούν κονδυλωματώδεις αλλοιώσεις) μπορεί να παραμείνουν στο σώμα μας επί εβδομάδες, μήνες ή και πολλά χρόνια, μετά από την αρχική μόλυνση.
Οι φλεγμονώδεις αλλοιώσεις που προκαλούνται από τους HPV είναι συνήθως υποκλινικές. Μόνο τα οξυτενή κονδυλώματα είναι εμφανή. Οι υποκλινικές αλλοιώσεις παραμένουν επί μήνες ή και επί έτη στο δέρμα και στους βλεννογόνους των γεννητικών οργάνων και της περιπρωκτικής περιοχής. Υποχωρούν όταν το ανοσοποιητικό μας σύστημα κατορθώσει να καταστείλει τον ιό. Επανεμφανίζονται εάν το ανοσοποιητικό μας σύστημα εξασθενίσει σε κάποια φάση της ζωής μας (λόγω στρες, λήψης ορισμένων φαρμάκων κ.α.). Επομένως η πλειοψηφία των ανθρώπων, που έχουν μολυνθεί από HPV δεν το γνωρίζουν, όπως δεν μπορούν να γνωρίζουν πότε έγινε η μόλυνση. Φυσικό είναι να μετέδωσαν τον ιό στον ή στη σεξουαλική τους σύντροφο σε κάποια χρονική στιγμή που υπήρχαν φλεγμονώδεις αλλοιώσεις.
Σε μια μονογαμική σχέση η διάγνωση της μόλυνσης από HPV συνήθως δημιουργεί πρόβλημα στις σχέσεις του ζευγαριού. Μόλις διαγνωστεί η μόλυνση σε ένα από τους δύο ο άλλος ανησυχεί για το ενδεχόμενο ύπαρξης τρίτου προσώπου.
Η ανεύρεση όμως της μόλυνσης από HPV σε κάποιον σημαίνει ότι απλώς μολύνθηκε σε κάποια φάση της ζωής του. Κανείς δεν μπορεί να γνωρίζει με ακρίβεια πότε και από ποιόν. Επίσης κανείς δεν μπορεί να γνωρίζει ποιος κόλλησε ποιόν (εκτός από την περίπτωση που κάποιος εκ των δύο δεν είχε προηγούμενη σεξουαλική ζωή).
