Καταρχάς, πρέπει να διευκρινισθεί, ότι η θεραπεία για τους HPV δεν είναι αιτιολογική. Δεν υπάρχει κάποιο φάρμακο, που να απαλλάσσει τον οργανισμό μας από τον ιό. Η λεγόμενη θεραπεία είναι η αφαίρεση ή η καταστροφή του ιστού που έχει αλλοιώσεις. Ο ιός παραμένει στα επιθήλια του γεννητικού συστήματος για μεγάλο χρονικό διάστημα ή και για πάντα. Αυτό δεν είναι ανησυχητικό, ακόμη και στις περιπτώσεις μόλυνσης από επικίνδυνους HPV. Οι υποτροπές των αλλοιώσεων είναι λίγες και εάν οι ασθενείς παρακολουθούνται δεν υπάρχει κίνδυνος. Στις περιπτώσεις εκείνες, που υπερισχύει το ανοσοποιητικό σύστημα και η λοίμωξη υποχωρεί από μόνη της και σπάνια έχουμε υποτροπές. Όπου κριθεί σκόπιμο επεμβαίνουμε και καταστρέφουμε ή αφαιρούμε αλλοιώσεις ( ή προκαρκινικές). Ο ιός παραμένει στο κατώτερο γεννητικό σύστημα,  περιμένουμε όμως να υπερισχύσει το ανοσοποιητικό σύστημα. Μετά την εξαφάνιση των αλλοιώσεων, ο οργανισμός μας  έχει να αντιμετωπίσει μικρότερο ιϊκό φορτίο και είναι ευκολότερο να καταστείλει τους HPV που παραμένουν.