Η μόλυνση από HPV είναι σήμερα εξίσου συχνή σε γυναίκες και άνδρες. Όμως, οι HPV δεν ευνοούνται ανατομικά για μακροχρόνια παραμονή στο δέρμα και τους βλεννογόνους του γεννητικού συστήματος του άνδρα. Οι HPV προτιμούν υγρές, θερμές περιοχές και (γιαυτό «φωλιάζουν» στον τράχηλο της μήτρας των γυναικών). Ίσως αυτό εξηγεί το γεγονός, ότι ο καρκίνος του πέους είναι πολύ σπάνιος, σε σύγκριση με τον καρκίνο του τραχήλου της μήτρας. Στους άνδρες που έχουν υποστεί περιτομή, οι υποκλινικές αλλοιώσεις από HPV και οι (στην κεφαλή του πέους) είναι σπανιότερες, σε σύγκριση με αυτούς που δεν έχουν υποστεί περιτομή (τρεις φορές μικρότερη συχνότητα). Το σημαντικό είναι, ότι και ο καρκίνος του πέους είναι πολύ πιο σπάνιος.

Η μόλυνση του άνδρα από HPV χαμηλού κινδύνου καταλήγει σε εμφάνιση υποκλινικών αλλοιώσεων ή και οξυτενών κονδυλωμάτων. Πιστεύεται, ότι η μόλυνση από HPV υψηλού κινδύνου καταλήγει σπάνια στη δημιουργία προκαρκινικών αλλοιώσεων πέους και πολύ σπάνια σε καρκίνο πέους.

Αξίζει να σημειωθεί, ότι τα τελευταία χρόνια, από μελέτες που έγιναν σε παθητικούς ομοφυλόφιλους άνδρες με AIDS, παρατηρήθηκε, ότι βρίσκονται σε αυξημένο κίνδυνο για καρκίνο στον πρωκτικό σωλήνα. Φαίνεται, μάλιστα, ότι σε αρκετές περιπτώσεις, υπάρχει η αντίστοιχη σταδιακή εξέλιξη προκαρκινικών αλλοιώσεων σε καρκίνο, όπως και στον τράχηλο της μήτρας.