Το κάπνισμα –πέραν των άλλων επιβλαβών επιδράσεων στην υγεία μας- εξασθενεί και την άμυνά μας απέναντι στους HPV. Για την ακρίβεια, μειώνει τη δράση ορισμένων κυττάρων του ανοσοποιητικού μας συστήματος (όπως τα κύτταρα Langerhans), που είναι υπεύθυνα για την καταστολή του ιού, σε τοπικό επίπεδο στους ιστούς του κατώτερου γεννητικού συστήματος. Έχει αποδειχθεί επίσης ότι καρκινογόνες ουσίες του καπνού (όπως το βενζοπυρένιο, η κοτινίνη, οι φαινόλες κ.α.) ανιχνεύονται στη βλέννη του τραχήλου της μήτρας της καπνίστριας (σε πολλαπλάσια συγκέντρωση από την αντίστοιχη στο αίμα) και μπορούν να δράσουν ως συνεργοί παράγοντες στην καρκινογένεση.
Φαίνεται ότι το κάπνισμα έχει ιδιαίτερα επιβαρυντική επίδραση, όσον αφορά στην καταστολή της δράσης των HPV από τον οργανισμό της γυναίκας αλλά και στην καρκινογένεση. Όπως αποδεικνύεται σε πολυάριθμες ιατρικές έρευνες (που έχουν δημοσιευθεί από το 1990 μέχρι σήμερα) οι καπνίστριες βρίσκονται σε πολλαπλάσιο κίνδυνο για εμφάνιση προκαρκινικών αλλοιώσεων και καρκίνου τραχήλου μήτρας σε σχέση με τις μη καπνίστριες.
