Οι HPV κατατάσσονται με βάση τις διαφορές στο γονιδίωμά τους (στο DNA τους). Αυτές οι γονιδιακές διαφορές προσδιορίζουν τη συμπεριφορά τους (ποια περιοχή του σώματος προσβάλλει ο κάθε τύπος HPV και τι είδους αλλοιώσεις μπορεί να προκαλέσει).

Οι περισσότεροι HPV μολύνουν το δέρμα και προκαλούν αλλοιώσεις όπως θηλώματα, μυρμηκιές κ.ά. Αυτοί ονομάζονται δερματικοί HPV (γονότυποι 1, 2, 3, 4, 7, 10 κ.ά.).

Υπάρχει μια άλλη ομάδα, που ονομάζονται γεννητικοί HPV (γονότυποι 6, 11, 16, 18, 31, 33, 45 κ.ά.), οι οποίοι μολύνουν την περιοχή των γεννητικών οργάνων, του πρωκτού και του στοματοφάρυγγα. Οι γεννητικοί τύποι μπορούν να προκαλέσουν καλοήθεις αλλοιώσεις όπως τα κονδυλώματα αλλά και προκαρκινικές αλλοι ώσεις και καρκίνους στις περιοχές που προσβάλλουν.